Jacob Soetendorp werd geboren als zoon van Abraham Soetendorp en Jansje van der Glas. Hij was de oudste zoon in een gezin met vier kinderen. Op 11 januari 1940 trouwt hij met Maria Blits (1913-1982). Het echtpaar krijgt vier kinderen, drie zoons en een dochter. Soetendorp en zijn vrouw overleven de oorlog in onderduik, eerst op een boerderij in het Oost-Brabantse Deurne, later bij een rijke familie in Bussum en het laatste jaar op een adres in Amsterdam. Hun zoontje Awraham – in 1943 drie maanden oud – wordt ondergebracht op een onderduikadres in Velp. Zij zullen hem pas na de oorlog terugzien.
Zoals veel kinderen van zijn generatie groeide Jacob Soetendorp op te midden van zowel Joodse als niet-Joodse kinderen. Hij ging naar de openbare school in de Valkenburgerstraat en daarnaast naar de Joodse school in de Rapenburgerstraat. Juist die tegenstelling benadrukt zijn Joodse identiteit. Hij wordt lid van de Joodse jeugdvereniging Betsalel en krijgt les van de socialistische rabbijn De Hond. Op zijn twaalfde wordt hij aangenomen op het Nederlands Israëlietisch Seminarium. Hij wil rabbijn worden. Uiteindelijk verlaat hij het seminarium met het diploma van godsdienstonderwijzer. In 1941 wordt hij aangesteld als jeugdleider, godsdienstleraar en pastoraal werker bij de Nederlands-Israëlietische Hoofdsynagoge in Amsterdam. Soetendorp was actief voor de SDAP en ging langs de deuren met het blad van de partij, Vrijheid, Arbeid, Brood. Hij sprak zich uit tegen de Joodse Raad. Na de deportatie van jonge Joodse mannen naar Mauthausen, moest hij de ouders het bericht brengen dat zij waren omgekomen.
Na de bevrijding dringt de omvang van de catastrofe door. Als lid van de brigade die overlevenden van de kampen opvangt, merkt hij dat er maar heel weinig mensen terugkeren. In een interview zal hij zeggen: “Wat je als tachtigjarige meemaakt, maakten wij mee in de kracht van ons leven: overgebleven zijn.” Religie heeft afgedaan en hij stort zich op journalistiek werk voor het Nieuw Israëlietisch Weekblad, vanaf mei 1946 als hoofdredacteur.
In oktober 1948 emigreert de familie Soetendorp naar Israël, in december 1952 keert het gezin weer terug naar Nederland. In 1954 wordt Soetendorp voorganger van de Liberaal Joodse Gemeente Amsterdam, die mede onder zijn leiding opnieuw tot bloei komt. Uit handen van rabbijn Leo Baeck ontvangt hij in oktober 1955 zijn semicha (rabbinale bevoegdheid). Op 22 december 1960 behaalt hij aan de Universiteit Leiden een doctoraal in de theologie. Het Hebrew Union College in New York verleent hem in 1963 een eredoctoraat in de godgeleerdheid, als waardering voor zijn rol bij de opbouw van het liberaal jodendom en zijn boekpublicaties.
Soetendorp groeide uit tot een nationaal figuur door zijn rol in de interreligieuze dialoog met Christenen en zijn maatschappelijke betrokkenheid.
Begin 1974 scheidt Soetendorp van zijn vrouw Mirjam en wordt hij rabbijn van de Einheitsgemeide in Götenborg, Zweden. Hij blijft ook actief als journalist. Tijdens een kort verblijf in Denemarken overlijdt hij aan een hartaanval.