David Henriques de Castro is de zoon van Mozes Henriques de Castro en Esther Teixeira de Mattos. Hij is een telg uit een gefortuneerde Portugees-Joodse familie die al voor 1739 vanuit Bayonne, Frankrijk, naar Amsterdam kwam. In 1850 trouwt hij met jonkvouwe Sara Lopes Suasso de Pinto. Zij krijgen vijf kinderen.
Henriques de Castro doorloopt het gymnasium, maar moet zijn studie wegens een zwakke gezondheid beëindigen. Daarna krijgt hij thuisonderwijs in wiskunde en klassieke talen. Spaans en Portugees leert hij zichzelf.
Al vanaf jeugdige leeftijd legt hij zich volledig toe op zijn belangstelling voor cultuur en geschiedenis. Hij besteedt veel tijd aan hobby’s zoals het bestuderen van de Portugees-Joodse geschiedenis en het verzamelen van munten, zeldzame boeken, topografische prenten en tekeningen, in het bijzonder van Amsterdam. Later verzamelt hij ook foto’s.
Hij is medeoprichter van het Koninklijk Oudheidkundig Genootschap, de eerste landelijke vereniging voor het behoud van Nederlands cultureel erfgoed. Henriques de Castro schonk dit genootschap diverse voorwerpen.
Henriques de Castro was van grote betekenis voor het behoud van het negentiende-eeuwse cultureel erfgoed in Nederland. Zijn omvangrijke verzameling bestond uit zeer kostbare en unieke manuscripten en boeken judaica en hebraïca.
Een jaar na zijn dood werd zijn complete collectie geveild.